心内科始建于1892年，1978年被国务院批准为心血管内科硕士学位授权点，1996年被批准为博士学位授权点。2002年成立重庆市心律失常治疗中心，目前已形成一个由专科病房，CCU单元，无创性心功能诊断中心，介入诊治中心及实验室组成的结构完整，设施精良，诊疗技术先进，医教研全面发展的学科研究机构。拥有教授5人、副教授8人、讲师4人、现承担国家及重庆市科研课题20余项；担任10多个学术团体和医学杂志编委会的常务理事、编委等。与国内外同行专家有广泛的学术交流和联系。展开床位110余张，分普通病房和CCU病房，设两个护理单位，有完善的监护系统和急救设备，年收治病人2100余人，承担市内外心血管病人的诊疗及疑难危重病例的会诊与抢救任务，是我院心、肝、肾等大器官移植的坚强后盾，同时每年承担全院上千例病人的会诊工作。在心血管内科重危症救治、临床高血压诊断与治疗、血管迷走性晕厥的防治、急诊PTCA＋支架置入术治疗急性心肌梗死、射频消融术根治心律失常、心脏起搏器置入术及心血管无创性检查等方面处于国内先进水平。

    重庆市心律失常治疗中心是由重庆市卫生局2002年批准挂牌的专业心律失常研究治疗机构，本中心拥有一流的先进设备和高素质的人才梯队。拥有Carto Merge三维电解剖标测系统一台，64导和32导电生理记录仪各一台，射频消融仪4台。从1993年起，先后对1800余例房室折返性心动过速、房室结折返性心动过速、各型预激综合征、房性心动过速、心房扑动、合并器质性心脏病的室性心动过速和起源于右室流出道室性早搏患者施行了导管射频消融术治疗，总成功率为99％，创造了无三度房室传导阻滞等严重并发症发生的国内领先记录。重庆医科大学附属第二医院心房颤动研究治疗中心，始建于1996年，我科就开始从事心房颤动的基础和临床研究，在《European Heart Journal》《Cardiology review》等国内外权威杂志发表论著30余篇，多篇论文在美国心脏协会年会，欧洲心脏起博与电生理年会、香港心脏病学年会等顶级学术大会上交流。从2001年开始在西南地区首先开展心房颤动的射频消融术，每年完成心房颤动的射频消融手术50例，已经成功完成250余例。2006年引进西南地区首台冷冻消融仪，用于阵发性室上性心动过速和阵发性房颤的冷冻消融治疗，提高了房室结折返性，希氏束旁道、心房扑动消融的安全性和成功率，尤其使用于儿童心律失常的冷冻治疗。目前仍为西南地区唯一的冷冻消融仪，已成功对50余例患者进行了冷冻消融治疗，最小消融的患儿仅9岁，取得了良好的效果。

    心肌梗死抢救治疗体系，疑诊或确诊心肌梗死患者可通过绿色通道直接到病房接受诊治，具备急诊PTCA及支架置入术的技术力量和设备。起搏器置入工作开展于1980年，是重庆市最早开展此项工作的三个单位之一，并参与了国产起搏器的研制和开发工作。适应症从初期的Ⅲ°房室传导阻滞、病态窦房结综合征到近年的心房颤动、室性心动过速、心室颤动和心力衰竭等，起搏方式从VVI、AAI到现在的VVIR、AAIR、DDD、DDDR、ICD和心脏内多部位起搏，肥厚梗阻性心肌病的起搏治疗及房颤房室结射频消融后的起搏治疗，已形成了完善的治疗体系，20多年来为近1000位患者施行了起搏器治疗。